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近年来，甘孜州高度重视农业种质资源保护和利用工作，层层压实工作责任，加强农业种质资源保护和利用相关法律法规的宣传，积极开展农业种质资源调查、保护和利用工作，农业种质资源保护和利用初见成效。甘孜州农作物、畜禽等种质资源丰富，现保存青稞种质资源材料2119份、保存玉米种质资源材料1500份，2018-2020年已调查征集农作物种质资源769份。2020年，全州新建青稞、丹巴黄金荚、巴塘地方辣椒、得荣藏桔4个农作物种质资源圃。昌台牦牛已成为国家新的牦牛遗传资源，并作为牧区牦牛主推品种。藏猪、藏鸡、九龙牦牛、昌台牦牛、甘孜马、甘孜驴（川驴）、甘孜藏黄牛、白玉黑山羊、藏绵羊、藏山羊资源被列入国家级遗传资源名录，其中：藏猪、藏鸡、九龙牦牛列入国家级畜禽遗传资源保护名录，九龙县建立国家级九龙牦牛保种场，乡城县建立国家级藏猪保护区和藏鸡保种场，雅江县建立省级西藏山羊保护区，稻城县建立省级藏猪保种备份场。得荣中蜂已申报省级遗传资源保护区，雅江中蜂正在申报省级遗传资源保护区。按照国家藏区畜禽遗传资源补充调查安排，开展了新龙县拉日马牦牛、稻城县亚丁牦牛、石渠县扎溪卡绵羊、得荣县玛格绵羊、丹巴县丹巴黑绵羊、九龙县朵洛山羊、巴塘县巴塘黑猪等新的畜禽遗传资源调查，通过调查分析，认为拉日马牦牛、亚丁牦牛、玛格绵羊特征显著，已申请国家畜禽遗传资源委员会现场审定。同时编制完成了《甘孜藏族自治州畜禽遗传资源志》。
当前甘孜州农业种质资源保护和利用面临的困难问题：一是资源挖掘和创新动力不足。全州种质资源开发利用率不高，资源挖掘不深入、不全面；农作物、饲草品种同质化严重，突破性新品种少；新资源挖掘和审定有待加快；畜禽品种退化严重，个别地方品种资源消失的速度加剧，如：甘孜州的马口山羊、泸定黄毛猪已经难觅踪影，丹巴黑绵羊濒临灭绝。列入国家畜禽遗传资源名录的州地方品种资源数量急剧减少，经调查纯藏猪不足20000头，甘孜驴（川驴）不足3000匹、白玉黑山羊755只、西藏山羊10万只，藏绵羊20万只。二是种子管理体系和质量检验体系不健全。全州目前只有州级农作物种子质量检验站而其余18个县（市）无种子质量检验机构，且现有的州级农作物种子质量检验机构建设滞后，运行经费保障不足。三是种畜禽质量监管体系不健全。目前，全州种畜禽质量监管多依赖于行政许可、外貌鉴定，监管体系不健全，缺乏必要的监管人员和技术手段。四是农村整体素质不高，保护意识淡薄。许多农牧民不懂科学养殖，对于畜禽遗传资源重要性认识不足，畜禽资源保护的意识淡薄，没有对畜禽资源地方品种给予及时保护。五是保种经费投入不足，保护体系建设严重滞后。甘孜州畜禽遗传资源保护工作起步较晚，各级政府部门对畜禽遗传资源保护开发利用的资金普遍投入不到位，州、县级财政几乎没有安排保种经费。
为扎实推进农业种质资源保护和利用，建议国家加大对甘孜州农业种质资源保护和利用方面的投入力度。一是建议进一步加大对青稞、玉米、马铃薯、食用菌、中药材、饲草、牦牛、藏猪、藏鸡、藏羊等新品种的选育和良繁基地建设的资金投入力度；二是建议把甘孜州已列入国家级遗传资源名录的昌台牦牛、甘孜马、甘孜驴（川驴）、甘孜藏黄牛、白玉黑山羊、藏绵羊资源纳入国家级或省级畜禽遗传资源保种场、保护区建设；三是建议进一步加强甘孜州种业管理机构体系建设，按照有关法律法规的要求，健全州、县（市）两级种业管理体系，充实种业管理队伍，配备必要设施设备，改善工作条件；四是建议研究和制定出台少数民族地区专业技术人才队伍的引进、培养、稳定及待遇保障等特殊政策，在原有津贴的基础上，制定出台新的高寒艰苦特殊补贴政策，通过适当提高待遇，确保能够留住和引进牧区专业技术人才，确保艰苦地区有人做事、有服务队伍，持续开展农业种质资源保护和利用工作。
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